Tầm quan trọng của tỉ lệ Fetal Fraction trong xét nghiệm sàng lọc trước sinh không xâm lấn (NIPT) | BIONET

Tất cả các phương pháp nipt đều đánh giá nguy cơ của các bất thường nhiễm sắc thể (nst) này dựa trên sự hiện diện hoặc không có của DNA không có tế bào của thai nhi trong máu của người mẹ, mặc dù khác nhau các công ty / phòng thí nghiệm có thể sử dụng các phương pháp và thuật toán khác nhau

Tỷ lệ tương đối của DNA tự do của thai nhi so với tổng lượng DNA tự do trong máu của người mẹ được gọi là “phần bào thai”. Các trung tâm xét nghiệm của natera và ariosa cho rằng việc xác định phân số bào thai là cần thiết vì thông số này ảnh hưởng đến độ chính xác của kết quả xét nghiệm, trong khi một số phòng xét nghiệm khác (Illumina / Verinata, bgi, …) không quan tâm hoặc không thể xác định được phân số thai nhi. Theo tamara takoudes và benjamin hamar, phần thai nhi trong máu mẹ bị ảnh hưởng bởi nhiều yếu tố như tuổi thai, cân nặng của mẹ, phương pháp lấy mẫu và điều kiện vận chuyển / bảo quản mẫu.

Để hiểu cách các nhà cung cấp nipt xử lý các mẫu không chứa DNA của thai nhi, hai bác sĩ tại Maternal Fetal Medicine ở Boston, mỗi người đã gửi mẫu máu của hai phụ nữ không mang thai đến năm nhà cung cấp nipt ở Hoa Kỳ và thông báo rằng đây là từ khi mang thai 12 Mẫu máu được lấy từ một phụ nữ vào năm 2019.

Ba phòng thí nghiệm – sequenom; Illumina (Verinata) và các gen kết hợp của labcorp – đã đưa ra kết quả xét nghiệm âm tính hoặc rủi ro thấp và báo cáo giới tính của thai nhi là nữ, mặc dù đó là mẫu không có ADN của thai nhi. Hai phòng thí nghiệm khác là natera và ariosa – báo cáo rằng họ không thể đưa ra kết quả xét nghiệm vì phân số bào thai quá thấp nên không đủ tiêu chuẩn cho xét nghiệm.

Tất cả 3 phòng thí nghiệm – natera, ariosa và sequenom – đều coi việc đánh giá phân số thai nhi là một phần của xét nghiệm, nhưng sequenom đã xác định sai phân số thai nhi (khoảng 4% trong cả hai mẫu). Điều này cho thấy rằng các phương pháp xác định phân số thai nhi dựa trên sự methyl hóa trình tự là không đáng tin cậy. ariosa sử dụng khoảng 200 snps để xác định phân số thai nhi (mặc dù xác định bất thường nst vẫn dựa trên số đếm thay vì sử dụng snps), 200 snps có thể không phải lúc nào cũng có trong một mẫu nhất định. Trong khi đó, nipt thế hệ thứ hai của natera đã xác định các bất thường nst và các phân số của thai nhi vào khoảng 20.000 lần chụp. Trong thử nghiệm này, natera báo cáo giá trị phân số của thai nhi là 0,6%, tương ứng với mức độ tiếng ồn. Giá trị này được coi là quá thấp hoặc không có thai – trong trường hợp đó công ty sẽ kết luận rằng không có kết quả xét nghiệm . Illumina (Verinata) và gen tích hợp của Labcorp, hai đơn vị này sử dụng nền tảng công nghệ xét nghiệm Verifi của Illumina và không đo phân số thai nhi.

Theo các tác giả thử nghiệm, kết quả thử nghiệm là “Tiêu chuẩn Chất lượng cho nipt” . Tương tự như các xét nghiệm chẩn đoán trước sinh yêu cầu số lượng tế bào thai nhi tối thiểu (karyotyping và cá), nipt yêu cầu các tiêu chí tương tự để kiểm soát kết quả nipt.

7. Mennuti và cộng sự, Sàng lọc không xâm lấn bằng bản tin ispd cfdna (2013).

Xét nghiệm trước khi sinh không xâm lấn (nipt) đã được phát triển và thương mại hóa vào cuối năm 2011 với sự thành công lớn và tốc độ phát triển nhanh chóng.

5 công ty thương mại ở Hoa Kỳ đã phát triển công nghệ này và có ý định chuyển giao công nghệ này trên khắp thế giới. Mỗi công ty có công nghệ và thuật toán riêng, thường được chia thành 2 nhóm:

– Thế hệ đầu tiên của phương pháp đếm nipt: , có nguồn gốc từ sự phát triển của công nghệ mpss (giải trình tự súng bắn song song hàng loạt). Bằng cách lập bản đồ, sắp xếp các trình tự ADN đặc trưng cho từng NST và đếm số lượng các trình tự này, tình trạng thể ba nhiễm của nhóm NST có thể được xác định nếu số lượng NST tăng lên. Nst quan tâm so với nst tham chiếu (Swanson và cộng sự, 2013). Một hạn chế của phương pháp này là nó không thể phân biệt giữa DNA tự do của mẹ và DNA tự do của thai nhi (cff-DNA). Do đó, tỷ lệ cff-DNA càng thấp, sự khác biệt giữa nst quan tâm và nst tham chiếu càng nhỏ, hoặc sự khác biệt giữa nst quan tâm và nst tham chiếu càng ít rõ ràng, do đó làm giảm độ nhạy.

– Nipt thế hệ thứ hai: Sau sự thành công của nipt thế hệ đầu tiên, công ty nipt tiếp tục tìm kiếm các phương pháp cụ thể hơn và ít tốn kém hơn bằng cách sử dụng các công nghệ cho phép giải trình tự nhắm mục tiêu (Ahoor et al., 2012). Do đó, gần như tất cả các trình tự được phân tích đều hữu ích trong khi giảm đáng kể số lần đọc và tăng hiệu quả phát hiện bất thường nst. Hơn nữa, thông qua việc sử dụng các dấu hiệu đa hình nucleotide (snps), các nipts thế hệ thứ hai cho phép tích hợp thông tin từ mẹ, mô hình hóa các giả thuyết tương ứng với các tình huống di truyền khác nhau, tối đa hóa xác suất và đưa ra xác suất các giả thuyết là đúng. Khả năng kiểm soát trường hợp nhiễm bẩn mẫu hoặc bất thường di truyền được nâng cao nhờ khả năng phân lập DNA không có tế bào của mẹ và thai hoàn toàn độc lập, và có thể sử dụng thông tin bổ sung từ người cha để phát hiện và phân lập DNA của thai nhi. SNP có độ chính xác tốt hơn một chút so với mpss và vẫn cao ngay cả với phân số thai nhi thấp từ 4-8%. Phương pháp này có thể thực hiện khi tuổi thai được 9 tuần, sớm hơn so với núm vú thế hệ 1. Ưu điểm của việc phân biệt DNA không tế bào của mẹ và thai còn thể hiện ở khả năng xác định giới tính. Thai nhi và các bệnh liên quan đến giới tính, thể tam bội và sinh đôi bị khuyết. Hiện tại, thử nghiệm panoromatm của natera được coi là nipt thế hệ thứ hai đầu tiên và duy nhất.